| MirGeneDB ID | Sma-Mir-2-o133 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Blood fluke (Schistosoma mansoni) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sma-mir-2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sma-Mir-2-o130 Sma-Mir-2-o131 Sma-Mir-2-o132 Sma-Mir-2-o134 Sma-Mir-2-o135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. mansoni | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000237925.5_SM_V9_genomic) |
HE601628.3: 9679871-9679943 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o133) |
Mir-71-o6
HE601628.3: 9679749-9679802 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o133 HE601628.3: 9679871-9679943 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o134 HE601628.3: 9679986-9680055 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o135 HE601628.3: 9680098-9680158 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAAGGAUUCGUAAUGCUGCACGAUACCUGGUGUUGAUUCUGGCUGAGAUUGAGGCAGGAAAAUAAACAAUUGUUGCCUGUCACAGCCAAUAUUGAUACCCGGCGUUGGGCACUUGACUUCUAAGAUGUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAAGGAUUCGUAAUGC--| A UA U UG UC A UGAGGCAGGAAAAU UGC CGA CC GGUGU AU UGGCUG GAU \ ACG GUU GG CCAUA UA ACCGAC CUG A CAAUGUAGAAUCUUCAGUUC^ G GC C GU UA A UCCGUUGUUAACAA 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sma-Mir-2-o133_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUGUUGAUUCUGGCUGAGAUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Sma-Mir-2-o133_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0033691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
51- UCACAGCCAAUAUUGAUACCCG -73
Get sequence
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