| MirGeneDB ID | Snu-Mir-2000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2000 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2000 Efe-Mir-2000-P1 Efe-Mir-2000-P2 Pdu-Mir-2000-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049312.1: 23150774-23150830 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2000) |
Mir-1998
CM049312.1: 23149739-23149794 [+]
Mir-2000 CM049312.1: 23150774-23150830 [+] |
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| Seed | AAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUAACUGAAGCAAUGCUGGAUUAUUCGCUCUAAAAGUACGGAAGGCUUUAAUCUUAGUACACUUAAAGUCUUCACUACUUUUAGUUCGGUGGUCCUACAACAACCAUGACAAUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAUAACUGAAGCAAUGCU---| U CU CG AUCUUA GGAUUAU CG CUAAAAGUA GAAGGCUUUA \ CCUGGUG GC GAUUUUCAU CUUCUGAAAU G AAAUAACAGUACCAACAACAU^ - UU CA UCACAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Snu-Mir-2000_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUAAAAGUACGGAAGGCUUUA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Snu-Mir-2000_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAAGUCUUCACUACUUUUAGUU -57
Get sequence
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