| MirGeneDB ID | Sro-Mir-12496-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12496 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roscoff worm (Symsagittifera roscoffensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sro-Mir-12496-P1 Sro-Mir-12496-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hmi-Mir-12496 Xbo-Mir-12496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. roscoffensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Xenacoelomorpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_025153585.1_SymRos_1_5_genomic) |
JANVAR010000125.1: 175530-175582 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12496-P2) |
Mir-12496-P3
JANVAR010000125.1: 175402-175458 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-12496-P2 JANVAR010000125.1: 175530-175582 [-] UCSC Ensembl Mir-12496-P1 JANVAR010000125.1: 175645-175709 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAACUUAUCGUUACUGGAUGGAUAUUCUGCUGCUAACUUAUGUAGAAAUGAGCCAACAUUGUGCAUACUUCAGCAGCCGAAUAAAAAAUCACGAGACAGUUUGGUAUUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAACUUAUCGUUACUG- GGA-| U AACU GA AG GAU UAUUC GCUGCU UAUGUA AAUG C CUA AUAAG CGACGA AUACGU UUAC C UAUUAUGGUUUGACAGAGCA AAAA^ C CUUC G- AA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sro-Mir-12496-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGCUAACUUAUGUAGAAAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sro-Mir-12496-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
31- UUGUGCAUACUUCAGCAGCCGA -53
Get sequence
|
