| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-12496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12496 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hmi-Mir-12496 Sro-Mir-12496-P1 Sro-Mir-12496-P2 Sro-Mir-12496-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Xenacoelomorpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Xenacoelomorpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold1007: 24070-24129 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12496) |
Mir-210-P19
scaffold1007: 23015-23077 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-210-P20 scaffold1007: 23177-23237 [+] UCSC Ensembl Mir-12496 scaffold1007: 24070-24129 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAAGUGACACCGGAUGUUGGAUGUGAUUCGCCGCUGUUGAAUGACGCAACAUGAUAUACAGAAUGUUGUGCAUACAAUAGCGGUCGGGUCUAAUCCAUCACGUGACAACACACAGACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAAGUGACACCGGAU-- U GU -| A A UGAUA G UGGAU GAUUCG CCGCUGUUG AUG CGCAACA U C ACCUA CUGGGC GGCGAUAAC UAC GUGUUGU A CCAGACACACAACAGUGCA U AU U^ A - AAGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xbo-Mir-12496_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGCCGCUGUUGAAUGACGCAACA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xbo-Mir-12496_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UUGUGCAUACAAUAGCGGUCGGG -60
Get sequence
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