| MirGeneDB ID | Sto-Mir-17-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1b Sto-Mir-17-P1c Sto-Mir-17-P1d Sto-Mir-17-P2a Sto-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P3b Sto-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-17-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01001891.1: 346472-346531 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4b) |
Mir-17-P1b
BFAA01001891.1: 342587-342646 [+]
Mir-17-P3b BFAA01001891.1: 345278-345340 [+] Mir-17-P4b BFAA01001891.1: 346472-346531 [+] Mir-19-P2b BFAA01001891.1: 347717-347779 [+] Mir-92-P1b BFAA01001891.1: 348887-348945 [+] Mir-92-P2b BFAA01001891.1: 349157-349216 [+] |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUGCAGGAGGGCUGUGUUCACGCAGCCCAAAAGUGCUUGUAGUGCAGGUAGUGGUAUUGAAACCUACUGCAGAACAAUCACUUUCAGCGCUACCUGAAUACAUGCGCCUGGACCACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAUGCAGGAGGGCUGU-- CGC CCA-| C AG G UGGUA GUUCA AGC AAAGUG UUGU UGCAG UAG U UAAGU UCG UUUCAC AACA ACGUC AUC U UCCACCAGGUCCGCGUACA CCA CGAC^ U AG - CAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-17-P4b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCUUGUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Mir-17-P4b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAGAACAAUCACUUUCAGC -60
Get sequence
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