| MirGeneDB ID | Sto-Mir-19-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-19-P1a-v1 Sto-Mir-19-P2a Sto-Mir-19-P2b Sto-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-19-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01013767.1: 4765-4822 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1c) |
Mir-17-P1c
BFAA01013767.1: 3033-3091 [+]
Mir-17-P2c BFAA01013767.1: 3215-3279 [+] Mir-19-P1c BFAA01013767.1: 4765-4822 [+] Mir-17-P4c BFAA01013767.1: 4955-5015 [+] Mir-19-P2c BFAA01013767.1: 5089-5150 [+] Mir-92-P1c BFAA01013767.1: 5248-5309 [+] Mir-92-P2c BFAA01013767.1: 5411-5474 [+] |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUCUUUGAUACUCAUGCAUCUUUCUACCAGUUUUGCUGUUUUGUAUUACAGGAGGAAAUUACCUGUGCAAAUCGAUGCAAAACUAAUAGGGAACUGUACUGCUAGUUGACUCUUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUCUUUGAUACUCAU-- UC UU CC UGU--| AUU AGGA GCA U CUA AGUUUUGC UUUGU ACAGG \ UGU A GAU UCAAAACG AAACG UGUCC A CAUUCUCAGUUGAUCGUCA CA GG AA UAGCU^ --- AUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-19-P1c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCUGUUUUGUAUUACAGG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-19-P1c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGCAAAUCGAUGCAAAACUAA -58
Get sequence
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