| MirGeneDB ID | Sto-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-221-P1c Sto-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P1a Ami-Mir-221-P1a Bta-Mir-221-P1a Cfa-Mir-221-P1a Cja-Mir-221-P1a1 Cja-Mir-221-P1a2 Cli-Mir-221-P1a Cmi-Mir-221-P1a Cpi-Mir-221-P1a Cpo-Mir-221-P1a Dno-Mir-221-P1a Dre-Mir-221-P1a1 Eca-Mir-221-P1a Ete-Mir-221-P1a Gga-Mir-221-P1a Gja-Mir-221-P1a Gmo-Mir-221-P1a1 Gmo-Mir-221-P1a2 Hsa-Mir-221-P1a Laf-Mir-221-P1a Lch-Mir-221-P1a Loc-Mir-221-P1a Mal-Mir-221-P1a1 Mal-Mir-221-P1a2 Mdo-Mir-221-P1a Mml-Mir-221-P1a Mmr-Mir-221-P1a Mmu-Mir-221-P1a Mun-Mir-221-P1a Neu-Mir-221-P1a Oan-Mir-221-P1a Ocu-Mir-221-P1a Pab-Mir-221-P1a Pbv-Mir-221-P1a Rno-Mir-221-P1a Sha-Mir-221-P1a Spt-Mir-221-P1a Tgu-Mir-221-P1a Tni-Mir-221-P1a1 Xla-Mir-221-P1a3 Xla-Mir-221-P1a4 Xtr-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01004609.1: 227955-228015 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P1a) |
Mir-221-P1a
BFAA01004609.1: 227955-228015 [+]
Mir-221-P2a BFAA01004609.1: 230229-230291 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUGUACUCCAUAUUUCAGUGCUCAUCGCUUGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUUCUGUCUUCAUCCAGCAGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUCUGAUGGUAUUGCACUCCUCCUCUUCUGCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUGUACUCCAUAUUUC---| U CUU - AUUCUGUCU AGUGC CAUCG GCUCAGUAGUCAG UGUAG U UUAUG GUAGU UGGGUCAUCGGUC ACAUC C GUCGUCUUCUCCUCCUCACG^ - CUC U GACGACCUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sto-Mir-221-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUCAGUAGUCAGUGUAGAUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Sto-Mir-221-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC -61
Get sequence
|
