| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1677 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-1677-P1 Tgu-Mir-1677-P2 Tgu-Mir-1677-P4 Tgu-Mir-1677-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cli-Mir-1677-P6 Cpi-Mir-1677-o6 Gga-Mir-1677-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
2: 85363381-85363438 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1677-P6) |
Mir-187
2: 85355102-85355159 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1677-P6 2: 85363381-85363438 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGCCUUGACUGUUAGCCUUUGGGAUGCAAACCUGCUUCCAUUUAAGUCAAUGUAAGUUUUAUCAUUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUUGAGCCAUUGGGCAUGUGAGUGGCUUUAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGCCUUGACUGUUAGC---| UUG AUG AC - U UAAG CU GG CAA CU GCUUCCA UUAAGUCAAUG U GG CC GUU GA UGAAGGU AAUUCAGUUAC U UAUAUUUCGGUGAGUGUACG^ UUA GA- A- G U UAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-1677-P6_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGCUUCCAUUUAAGUCAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1677-P6_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUGACUUAAUUGGAAGUGAGAUU -58
Get sequence
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