| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1720 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1720 Ami-Mir-1720 Cli-Mir-1720 Cpi-Mir-1720 Gga-Mir-1720 Gja-Mir-1720 Pbv-Mir-1720 Spt-Mir-1720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Diapsida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
10: 13788705-13788765 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1720) |
Mir-1720
10: 13788705-13788765 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7-P1 10: 13788845-13788908 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGCAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGGGCUGCCUGCGGCCCUUCUCCUCUUCUGACCACCUCGGACAUUGCUUUUGUGAGCCUUGAGAGCGAAGCAACGCGAGGCCGGUCUGAAACCCCCCCGUUCAACCAUGCCCCAGCCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGGGGCUGCCUGCGGCCCUUCUCCUC-- U A-| GACA UGUGAGC UUC GACC CCUCG UUGCUUU C AAG CUGG GGAGC AACGAAG U GGCCGACCCCGUACCAACUUGCCCCCCCA U CC^ GC-- CGAGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tgu-Mir-1720_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCACCUCGGACAUUGCUUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Tgu-Mir-1720_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GAAGCAACGCGAGGCCGGUCUGA -61
Get sequence
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