| MirGeneDB ID | Tni-Mir-17-P4a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Tni-Mir-17-P1d Tni-Mir-17-P2a1 Tni-Mir-17-P2a2 Tni-Mir-17-P4a1 Tni-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P4a Ami-Mir-17-P4a Bta-Mir-17-P4a Cfa-Mir-17-P4a Cja-Mir-17-P4a Cli-Mir-17-P4a Cmi-Mir-17-P4a Cpi-Mir-17-P4a Cpo-Mir-17-P4a Dno-Mir-17-P4a Dre-Mir-17-P4a2 Eca-Mir-17-P4a Ete-Mir-17-P4a Gga-Mir-17-P4a Gja-Mir-17-P4a Gmo-Mir-17-P4a2 Hsa-Mir-17-P4a Laf-Mir-17-P4a Lch-Mir-17-P4a Loc-Mir-17-P4a Mal-Mir-17-P4a2 Mdo-Mir-17-P4a Mml-Mir-17-P4a Mmr-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4a Mun-Mir-17-P4a Neu-Mir-17-P4a Ocu-Mir-17-P4a Pab-Mir-17-P4a Pbv-Mir-17-P4a Rno-Mir-17-P4a Sha-Mir-17-P4a Spt-Mir-17-P4a Sto-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
2: 12892494-12892553 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P4a2) |
Mir-17-P1a2
2: 12891981-12892039 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a2 2: 12892243-12892307 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a2 2: 12892361-12892418 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a2 2: 12892494-12892553 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a2 2: 12892619-12892679 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a2 2: 12892725-12892783 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUGACUGGAAGCAGGUUUCAGCAGUAUUAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAGUUUUCUCAGGGUCUACUGCAGUAUGAGCACUUCUAGUACUUCUAGAUGCACCUCUUCUUCUGGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUGACUGGAAGCAG- U - C -| G G UUUUC GU UC AG AGUAUUA AAGUGCUUAUA UGCAG UAG U CG AG UC UCAUGAU UUCACGAGUAU ACGUC AUC C AGAAGGUCUUCUUCUCCA U A U C^ G - UGGGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-17-P4a2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003084 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-17-P4a2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUGCAGUAUGAGCACUUCUAGU -60
Get sequence
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