| MirGeneDB ID | Tni-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-30-P1a Tni-Mir-30-P1b Tni-Mir-30-P2a Tni-Mir-30-P2b Tni-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P1d Ami-Mir-30-P1d Bta-Mir-30-P1d Cfa-Mir-30-P1d Cja-Mir-30-P1d Cli-Mir-30-P1d Cmi-Mir-30-P1d3 Cmi-Mir-30-P1d4 Cpi-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P1d Dno-Mir-30-P1d Dre-Mir-30-P1d Eca-Mir-30-P1d Ete-Mir-30-P1d Gga-Mir-30-P1d Gja-Mir-30-P1d Gmo-Mir-30-P1d Hsa-Mir-30-P1d Laf-Mir-30-P1d Lch-Mir-30-P1d Loc-Mir-30-P1d Mal-Mir-30-P1d Mdo-Mir-30-P1d Mml-Mir-30-P1d Mmr-Mir-30-P1d Mmu-Mir-30-P1d Mun-Mir-30-P1d Neu-Mir-30-P1d Oan-Mir-30-P1d Ocu-Mir-30-P1d Pab-Mir-30-P1d Pbv-Mir-30-P1d Rno-Mir-30-P1d Sha-Mir-30-P1d Spt-Mir-30-P1d Sto-Mir-30-P1d3 Sto-Mir-30-P1d4 Tgu-Mir-30-P1d Xla-Mir-30-P1d1 Xla-Mir-30-P1d2 Xtr-Mir-30-P1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21: 1387761-1387825 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P1d) |
Mir-30-P1d
21: 1387761-1387825 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-30-P2d 21: 1387972-1388031 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAGUCUAUUAUUGGCAACCUGGAGGAGCUGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCUGGGGUUUAAACGGUGAAGGCUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGCAUCUUAUUGCCUUUAACAGCCUCCUCUUACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCAGUCUAUUAUUGGCAACCUG--| GA UU GGGGUUUA GAG GCUGUAAACAUCC GACUGGAAGCU \ UUC CGACGUUUGUAGG CUGACUUUCGG A CAUUCUCCUCCGACAAUUUCCGUUA^ UA -- AAGUGGCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-30-P1d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUUGACUGGAAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-30-P1d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CUUUCAGUCGGAUGUUUGCAGC -65
Get sequence
|
