| MirGeneDB ID | Tur-Mir-279-P26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-279-P27a Tur-Mir-279-P27b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-279 Asu-Mir-279-o26 Bpl-Mir-279 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587309.1: 1091933-1091994 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P26) |
Mir-279-P26
HE587309.1: 1091933-1091994 [+]
Ensembl
Novel-5 HE587309.1: 1096052-1096111 [+] Ensembl Mir-36-P30 HE587309.1: 1096172-1096231 [+] Ensembl Mir-36-P31 HE587309.1: 1096273-1096332 [+] Ensembl Mir-36-P32 HE587309.1: 1096476-1096535 [+] Ensembl Mir-36-P33 HE587309.1: 1096578-1096637 [+] Ensembl Mir-36-P34 HE587309.1: 1096882-1096941 [+] Ensembl Mir-36-P35 HE587309.1: 1096984-1097043 [+] Ensembl Mir-36-P36 HE587309.1: 1097086-1097144 [+] Ensembl |
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| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUUCAACGCCACUUUGACAAUGAUGAUGAAUGAGUUCGGGCCUGUCCAUGUGUUCAUGUUAAAAUUCAUGACUAGACCCAUACUCAUCCAUUAUUGUUGUAUUUUCAUCGGCUAAAUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUUCAACGCCACUUUG--| UG A UC C UC UGUUCAU ACAA AUGAUG AUGAGU GGG CUG CAUG G UGUU UAUUAC UACUCA CCC GAU GUAC U UUAUAAAUCGGCUACUUUUA^ GU C UA A CA UUAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-279-P26_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAUGAGUUCGGGCCUGUCCAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-279-P26_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACUAGACCCAUACUCAUCCA -62
Get sequence
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