| MirGeneDB ID | Tur-Novel-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | TUR-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587309.1: 1096052-1096111 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5) |
Mir-279-P26
HE587309.1: 1091933-1091994 [+]
Ensembl
Novel-5 HE587309.1: 1096052-1096111 [+] Ensembl Mir-36-P30 HE587309.1: 1096172-1096231 [+] Ensembl Mir-36-P31 HE587309.1: 1096273-1096332 [+] Ensembl Mir-36-P32 HE587309.1: 1096476-1096535 [+] Ensembl Mir-36-P33 HE587309.1: 1096578-1096637 [+] Ensembl Mir-36-P34 HE587309.1: 1096882-1096941 [+] Ensembl Mir-36-P35 HE587309.1: 1096984-1097043 [+] Ensembl Mir-36-P36 HE587309.1: 1097086-1097144 [+] Ensembl |
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| Seed | ACCGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACGUGAAUCAAUAUAUCUUCAAACAAAUAGGUGCACCCGUCUUCGGAGUUUGUUUUAUCUACAUCAACACCGGGAUGAUGGCACCUCUUGGUUUGAAUAAAAUUCACCAGUUCUACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAACGUGAAUCAAUAUAUC--| A U ACC U A UGUUUUA UUCAAAC AA AGGUGC CGUCU CGG GUU \ AAGUUUG UU UCCACG GUAGG GCC CAA U ACCAUCUUGACCACUUAAAAU^ G C GUA - A CUACAUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Novel-5_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGCACCCGUCUUCGGAGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Novel-5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CACCGGGAUGAUGGCACCUCU -60
Get sequence
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