| MirGeneDB ID | Tur-Mir-5734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-5734 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-5734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587301.1: 1423018-1423077 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5734) |
Mir-5733
HE587301.1: 1416967-1417036 [-]
Ensembl
Mir-5731-P1c HE587301.1: 1420763-1420850 [-] Ensembl Mir-5734 HE587301.1: 1423018-1423077 [-] Ensembl Mir-5736-v2 HE587301.1: 1424673-1424737 [-] Ensembl Mir-5736-v1 HE587301.1: 1424674-1424736 [-] Ensembl |
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| Seed | UGGGGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGAUUUGGAAUUGAAGAUGCUUCAGAUUGCAUUGACUUCUAUCCGAAUGUAUCCCCUAUGAAAAUCAUUGGGGUAGAAGUCAGUAUAAUCUAAAGUUAUCAAUUAAUGCGUAUCAAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGAUUUGGAAUUGAA- -| C C G UAUCCCC GAU GCUU AGAUUG AUUGACUUCUAUCC AAUG U CUA UGAA UCUAAU UGACUGAAGAUGGG UUAC A CUAACUAUGCGUAAUUAA U^ A A G UAAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-5734_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023074 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAUUGACUUCUAUCCGAAUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-5734_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0023075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUGGGGUAGAAGUCAGUAUAA -60
Get sequence
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