| MirGeneDB ID | Xla-Mir-194-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-194 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-194-P2a Xla-Mir-194-P4c Xla-Mir-194-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-194-P2 Ami-Mir-194-P2 Bta-Mir-194-P2 Cfa-Mir-194-P2 Cja-Mir-194-P2 Cli-Mir-194-P2 Cmi-Mir-194-P2 Cpi-Mir-194-P2 Eca-Mir-194-P2 Ete-Mir-194-P2 Gga-Mir-194-P2 Gja-Mir-194-P2 Hsa-Mir-194-P2 Laf-Mir-194-P2 Lch-Mir-194-P2 Mml-Mir-194-P2 Mmr-Mir-194-P2 Mmu-Mir-194-P2 Mun-Mir-194-P2 Oan-Mir-194-P2 Ocu-Mir-194-P2 Pab-Mir-194-P2 Pbv-Mir-194-P2 Rno-Mir-194-P2 Spt-Mir-194-P2 Sto-Mir-194-P2 Tgu-Mir-194-P2 Xtr-Mir-194-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 14167694-14167749 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-194-P2b) |
Mir-194-P2b
NC_030733.1: 14167694-14167749 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-192-P2b NC_030733.1: 14168868-14168929 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGUAGAAGAGCCUGUAGUGUGUAUCAGGUGUAACAGCAACUCCAUGUGGACUUGUCCGUAUUCCAGUGGAGAUGCUGUUACUUUUGAUGGGCACUUACUGACCAGUGACAAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAGUAGAAGAGCCUGU--| G U A G CUUGU AGUGU UAUCAGG GUAACAGCA CUCCAU UGGA \ UCACG GUAGUUU CAUUGUCGU GAGGUG ACCU C GAGAACAGUGACCAGUCAU^ G U A - UAUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-194-P2b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAACAGCAACUCCAUGUGGA -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-194-P2b_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CAGUGGAGAUGCUGUUACUUU -56
Get sequence
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