| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-181-P1a Xtr-Mir-181-P1b Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Eca-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmr-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Neu-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 101423401-101423461 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a) |
Mir-181-P2a
chr4: 101423401-101423461 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a chr4: 101423858-101423919 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUAAGAAAAGAAAAUGAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGAGUUAAGAACACAAGCUCGCUGAACGAUGAAUGCAACUGUGUCCCCAAUACAUGCAAACAAGAAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUAAGAAAAGAAAAUGAAA--| U AUCAA CUG GAGUUA GG CACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUU A CC GUGU GUAAGUAGC AGUCGCUCGA G AAAAGAACAAACGUACAUAACC^ U CAAC- A-- ACACAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-181-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-181b |
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| Star sequence | Xtr-Mir-181-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCGCUGAACGAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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