| MirGeneDB ID | Aca-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-489 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aca-mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aca-Mir-489-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-489 Cja-Mir-489 Dno-Mir-489 Eca-Mir-489 Gja-Mir-489 Laf-Mir-489 Lch-Mir-489 Mmr-Mir-489 Mmu-Mir-489 Mun-Mir-489 Ocu-Mir-489 Pab-Mir-489 Pbv-Mir-489 Rno-Mir-489 Sha-Mir-489 Spt-Mir-489 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (anoCar2) |
6: 21750916-21750977 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-489-v2) |
Mir-489-v2
6: 21750916-21750977 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-489-v1 6: 21750917-21750976 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Aca-Mir-489-v2 |
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| Seed | GACAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUAACAGUUUUUAAUGCGUGAUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGUUCUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCCACAUGGGACAUCAAUUAAGCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAACAGUUUUUAAUGC A ---| UG C UACUUGU GUG UGGC UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUU U UAC ACCG AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGA C AACGAAUUAACUACAGGG - UCA^ GU A GGAUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-489-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCGUAUGUAUGACGUCAUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-489-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGACAUCAUAUGUACGGCUGCU -62
Get sequence
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| Variant | Aca-Mir-489-v1 |
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| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAACAGUUUUUAAUGCGUGAUGGCUUGGUGGUCGUAUGUAUGACGUCAUUUACUUGUUCUUUUAGGAGUGACAUCAUAUGUACGGCUGCUAAACUGCCACAUGGGACAUCAAUUAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAACAGUUUUUAAUGC--| AU C UG C ACUUGU GUG GG UUGG GUCGUAUGUAUGA GUCAUUU U CAC UC AAUC CGGCAUGUAUACU CAGUGAG C ACGAAUUAACUACAGGGUA^ CG A GU A GAUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aca-Mir-489-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUCGUAUGUAUGACGUCAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aca-Mir-489-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGACAUCAUAUGUACGGCUGC -60
Get sequence
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