| MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 106557252-106557346 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-2-P4-v1
NC_064601.1: 106556282-106556351 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 NC_064601.1: 106556284-106556349 [-] Ensembl Mir-2-P3 NC_064601.1: 106556572-106556654 [-] Ensembl Mir-2-P2b NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl Mir-2-P2a NC_064601.1: 106557252-106557346 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-71 NC_064601.1: 106558703-106558794 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAUGCGAAAAACCACACACAACGGACUGGGCUCAUCAAUUGGUUGUGGCUAUGUGUUUAUCACCAAAUAAACCGGACUCGUUUUCCGCUAUUCACUAUCAUAUCACAGCCAUUUUGAUGAGCUCGGUCGGGUGCUGAAACACAUCUGGUCUCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UGAUGCGAAAAACCACA----| AACG U- C GUGUUUAUCACCAAAUAAACCGG CAC GACUGGGCUCAUCAA UGGUUGUGG UAU \ GUG CUGGCUCGAGUAGUU ACCGACACU AUA A CUCUCUGGUCUACACAAAGUC^ GG-- UU - CUAUCACUUAUCGCCUUUUGCUC 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2-P2a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0041578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCAUCAAUUGGUUGUGGCUAU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-2-P2a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0041579 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
71- UAUCACAGCCAUUUUGAUGAGCUC -95
Get sequence
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