| MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2b Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2b Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2b) |
Mir-2-P4-v1
NC_064601.1: 106556282-106556351 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 NC_064601.1: 106556284-106556349 [-] Ensembl Mir-2-P3 NC_064601.1: 106556572-106556654 [-] Ensembl Mir-2-P2b NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl Mir-2-P2a NC_064601.1: 106557252-106557346 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-71 NC_064601.1: 106558703-106558794 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGAAAAACAGGGGCUGCUCGUGGUCAGGUCGUAAAAAUGGUUGUGCCGUGUCGAUUUAAGAAAAGUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGACCACUCUUGAGCAAUGUACAGCGUGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGAAAAACAGGGGCUGCUC-- -| A CC UCGAUUUA GUGGUCAGG UCGU AAAAUGGUUGUG GUG \ CACCAGUUU AGCA UUUUACCGACAC UAC A GGGUGCGACAUGUAACGAGUUCU G^ G UA UUGAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2-P2b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUAAAAAUGGUUGUGCCGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-2-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGCCAUUUUGACGAGUU -64
Get sequence
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