| MirGeneDB ID | Ami-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-15b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-15-P1a Ami-Mir-15-P1c Ami-Mir-15-P1d Ami-Mir-15-P2a Ami-Mir-15-P2b Ami-Mir-15-P2c Ami-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-15-P1b Bta-Mir-15-P1b Cfa-Mir-15-P1b Cin-Mir-15-P1 Cja-Mir-15-P1b Cli-Mir-15-P1b Cmi-Mir-15-P1b Cpi-Mir-15-P1b Cpo-Mir-15-P1b Dno-Mir-15-P1b Dre-Mir-15-P1b Eca-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1b Gga-Mir-15-P1b Gja-Mir-15-P1b Gmo-Mir-15-P1b Hsa-Mir-15-P1b Laf-Mir-15-P1b Lch-Mir-15-P1b Loc-Mir-15-P1b Mal-Mir-15-P1b Mml-Mir-15-P1b Mmr-Mir-15-P1b Mmu-Mir-15-P1b Mun-Mir-15-P1b Oan-Mir-15-P1b Ocu-Mir-15-P1b Pab-Mir-15-P1b Pbv-Mir-15-P1b Rno-Mir-15-P1b Sha-Mir-15-P1b Spt-Mir-15-P1b Sto-Mir-15-P1b Tgu-Mir-15-P1b Tni-Mir-15-P1b Xla-Mir-15-P1b1 Xla-Mir-15-P1b2 Xtr-Mir-15-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017711041.1: 20725562-20725621 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P1b) |
Mir-15-P1b
NW_017711041.1: 20725562-20725621 [+]
UCSC
Mir-15-P2b NW_017711041.1: 20725729-20725791 [+] UCSC |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUCUUUCAUUUGAGACCUUAAAUUACUCUAGCAGCACAUCAUGGUUUGCAUGAUCUUGUAAAGAUGCUAAUCAUUAUUUGCUGCUUUAGGAAUUUAAGGAAAAAACACAGUUGAAGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUCUUUCAUUUGAGA--| A CU C C U UGAUCU CCUUAAAUU CU AGCAGCA AU AUGGUU GCA U GGAAUUUAA GA UCGUCGU UA UACUAA CGU G UAGAAGUUGACACAAAAAA^ G UU U U U AGAAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-15-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACAUCAUGGUUUGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-15-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CUAAUCAUUAUUUGCUGCUUUA -60
Get sequence
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