| MirGeneDB ID | Asu-Mir-2-o10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | asu-mir-43a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Asu-Mir-2-o6 Asu-Mir-2-o7a Asu-Mir-2-o7b Asu-Mir-2-o8 Asu-Mir-2-o9 Asu-Mir-2-o11a Asu-Mir-2-o11b Asu-Mir-2-o11c Asu-Mir-2-o11d Asu-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A.suum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold800: 98049-98111 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o10) |
Mir-5350-P6
Scaffold800: 97547-97610 [-]
Mir-279-o22 Scaffold800: 97897-97956 [-] Mir-2-o10 Scaffold800: 98049-98111 [-] Mir-36-o28 Scaffold800: 98613-98672 [-] Mir-2-o6 Scaffold800: 124302-124361 [+] |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUUAGACGUAGUCGGAGUCGGACCCGGCGAUAGUAAGUACUGCGAUAUGCUGCAAGAACACAAACACAUAUCACAGUCUACUUGCUGUCUCCGGUUCGCUGACUGACUCAACGAAGAAAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUUUAGACGUAGUCGGA AC-- C --| C CUGCAAGA GUCGG CCGG GAUAGUAAGU ACUG GAUAUG \ CAGUC GGCC CUGUCGUUCA UGAC CUAUAC A UGAAAGAAGCAACUCAGU GCUU U UC^ A ACAAACAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Asu-Mir-2-o10_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0021449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GAUAGUAAGUACUGCGAUAUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Asu-Mir-2-o10_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0021450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGUCUACUUGCUGUCUC -63
Get sequence
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