| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049989.1: 2530565-2530626 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12490) |
Mir-4888
NC_049989.1: 2529761-2529819 [+]
UCSC
Mir-12490 NC_049989.1: 2530565-2530626 [+] UCSC |
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| Seed | AAAGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUCAAAGAGAUCCAACGCUCACCCAGUCAUCUGCUACUGACUCGCUUUAAUGUAACGCCGUUGGAGAGUUAAAGGUGGUCAGUAGUAGGUCACUGUGGGGGUCCGAGCAUCCGUCUGAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUCAAAGAGAUCCAAC--| A - C CG GUAACGC GCUC CC CAGU AUCUGCUACUGACU CUUUAAU C UGGG GG GUCA UGGAUGAUGACUGG GAAAUUG G UGUAGUCUGCCUACGAGCC^ - U C UG AGAGGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-12490_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGCUACUGACUCGCUUUAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-12490_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAAGGUGGUCAGUAGUAGGUC -62
Get sequence
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