| MirGeneDB ID | Bla-Mir-12490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12490 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-12490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000359: 230266-230327 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12490) |
Mir-12490
Sc0000359: 230266-230327 [-]
Ensembl
Mir-4888 Sc0000359: 233080-233139 [-] Ensembl |
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| Seed | AAAGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAAAGAGAUCGAAACCUCACGCAGUCAUCUGCUACUGACUCGCUUUAAUGUAACGCCGUUGAAGAGUUAAAGGUGGUCAGUAGUAGGUCACUGUGGGGGUCCGUACCGCCGUCUGAUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGAAAGAGAUCGAAA---| A C CG GUAACGC CCUC CGCAGU AUCUGCUACUGACU CUUUAAU C GGGG GUGUCA UGGAUGAUGACUGG GAAAUUG G UGUAGUCUGCCGCCAUGCCU^ - C UG AGAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-12490_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGCUACUGACUCGCUUUAAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-12490_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAAGGUGGUCAGUAGUAGGUC -62
Get sequence
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