| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4888 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-4888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000359: 233080-233139 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4888) |
Mir-12490
Sc0000359: 230266-230327 [-]
Ensembl
Mir-4888 Sc0000359: 233080-233139 [-] Ensembl |
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| Seed | GCAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCACACACAGUACAGGGGUUGUGUGAGAUGCAGAGCUUGUGCGAUUGGCGCUUGACAAGUGAAGGGCGCCACACUCGAGCUCUCCAUCCCACCCACCUCACUCAGACGCCGCCUAAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCACACACAGUACAG--| U U A C UGCGAU UGACA GGG UG GUG GAUG AGAGCUUG UGGCGCU A CUC AC CAC CUAC UCUCGAGC ACCGCGG G AUAAUCCGCCGCAGACUCA^ C C C C UCAC-- GAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-4888_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAGAGCUUGUGCGAUUGGCGCU -24
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-4888_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CGCCACACUCGAGCUCUCCAUC -60
Get sequence
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