| MirGeneDB ID | Cja-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-224 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-224 Cfa-Mir-224 Cpo-Mir-224 Eca-Mir-224 Ete-Mir-224 Hsa-Mir-224 Laf-Mir-224 Mml-Mir-224 Mmr-Mir-224 Mmu-Mir-224 Ocu-Mir-224 Pab-Mir-224 Rno-Mir-224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 143633283-143633351 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-224) |
Mir-224
CM021937.1: 143633283-143633351 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v1 CM021937.1: 143634333-143634393 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v2 CM021937.1: 143634334-143634390 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGACAGAGGAGAUAAGGCCCAGGGGCUUUCAAGUCACUAGUGGUUCCAUUUAGUAGAUGGUUGUGCAUUGUUUCAAAAUGGUGCCCUAGUGACUACAAAGCCCCAGAGCCAGUAUCAUCACCAAAGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGACAGAGGAGAUAAG--| CCA CA U U AGUAGAUGGUU GC GGGGCUUU AGUCACUAG GGU CCAUUU G CG CCCCGAAA UCAGUGAUC CCG GGUAAA U ACGAAACCACUACUAUGAC^ AGA CA - U ACUUUGUUACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-224_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGUCACUAGUGGUUCCAUUUAG -24
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-224_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AAAUGGUGCCCUAGUGACUACAA -69
Get sequence
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