| MirGeneDB ID | Cja-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-452 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cja-Mir-452-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 143634334-143634390 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-452-v2) |
Mir-224
CM021937.1: 143633283-143633351 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-452-v1 CM021937.1: 143634333-143634393 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v2 CM021937.1: 143634334-143634390 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cja-Mir-452-v2 |
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| Seed | GUUUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGACUUCUAAUUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGUAACUAUGUCUCAGUCUUAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCUGACUUCUAAUUGCU----| AA GU G A UUUGU AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGAC \ UUCGUGAAUG GA AACGUCU UU UGACUCUG A UUAGAGAGUUCCCCGAACCGU^ AA -- A C UAUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-452-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUUGCAGAGGAAACUGAGAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-452-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCAGUCUUAUCUGCAAAGAAG -57
Get sequence
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| Variant | Cja-Mir-452-v1 |
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| Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCCUGACUUCUAAUUGCUAAGCACUUACAACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGACUUUGUAACUAUGUCUCAGUCUUAUCUGCAAAGAAGUAAGUGCUUUGCCAAGCCCCUUGAGAGAUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCCUGACUUCUAAUU--| U AA GU G A CUUUGU GC AAGCACUUAC CU UUGCAGA GA ACUGAGA \ CG UUCGUGAAUG GA AACGUCU UU UGACUCU A AUUAGAGAGUUCCCCGAAC^ U AA -- A C GUAUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-452-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUGUUUGCAGAGGAAACUGAGA -24
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-452-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCAGUCUUAUCUGCAAAGAAGU -61
Get sequence
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