| MirGeneDB ID | Cte-Mir-1990-P2-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-1990c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-1990-P1 Cte-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P2 Eba-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P2 Hru-Mir-1990-P2 Lan-Mir-1990-P2 Lgi-Mir-1990-P2 Mgi-Mir-1990-P2 Mom-Mir-1990-P2 Npo-Mir-1990-P2 Ofu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2-as Pve-Mir-1990-P2a1 Pve-Mir-1990-P2a2 Pve-Mir-1990-P2b Pve-Mir-1990-P2c Pve-Mir-1990-P2d Pve-Mir-1990-P2e Rph-Mir-1990-P2 War-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_12: 606809-606873 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1990-P2-as) |
Mir-1990-P1
CAPTEscaffold_12: 600050-600112 [+]
Ensembl
Mir-2692 CAPTEscaffold_12: 600189-600249 [+] Ensembl Mir-1990-P2-as CAPTEscaffold_12: 606809-606873 [-] Ensembl Mir-1990-P2 CAPTEscaffold_12: 606811-606875 [+] Ensembl Mir-1986 CAPTEscaffold_12: 607156-607216 [+] Ensembl |
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| Seed | GGGACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUACUCAUCAGUCGCUCCGUGUUCGAGGCUGGAAGUUAACGUAGUCCCGGGUUGCAUCGCUGUACUUGGCCCUGGGACUAUGUCAACUUACAACUGCGCUCACGAUUUUCCUUCUUUAUUCAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUACUCAUCAGUCGCUC--| UU A C G A UUGCAUCGC CGUG CG GG UG AAGUU ACGUAGUCCCGGG \ GCAC GC UC AC UUCAA UGUAUCAGGGUCC U AAACUUAUUUCUUCCUUUUA^ UC G A A C CGGUUCAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-1990-P2-as_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGAAGUUAACGUAGUCCCGGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-1990-P2-as_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013548 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UGGGACUAUGUCAACUUACAAC -65
Get sequence
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