| MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3b Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 6006068-6006130 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3a-v1) |
Mir-2-P3a-v1
scaffold_12916: 6006068-6006130 [+]
Ensembl
Mir-2-P3a-v2 scaffold_12916: 6006068-6006130 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dan-Mir-2-P3a-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAUACAGAUUUUUUUAGGGAACUGCGACCCUCCUUAAAGUGGCGGUGACAUGUAGCUUUCAUAUUCAUAUCACAGCUUUGCUUUCAGGAGCGUUGAGGUUUCUCGAAGCCAUCAAUAGUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAUACAGAUUUUUUUA-- G C U --| G C UAGCUU GGGAACU CGAC CUCCU AAAGU GGC GUGA AUG \ UCUUUGG GUUG GAGGA UUUCG UCG CACU UAC U AAGUGAUAACUACCGAAGC A C C UU^ A A UUAUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-2-P3a-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCCUUAAAGUGGCGGUGACAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-2-P3a-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUCACAGCUUUGCUUUCAGGAGCG -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dan-Mir-2-P3a-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAUACAGAUUUUUUUAGGGAACUGCGACCCUCCUUAAAGUGGCGGUGACAUGUAGCUUUCAUAUUCAUAUCACAGCUUUGCUUUCAGGAGCGUUGAGGUUUCUCGAAGCCAUCAAUAGUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAUACAGAUUUUUUUA-- G C U --| G CAUGUAGCUU GGGAACU CGAC CUCCU AAAGU GGC GUGA \ UCUUUGG GUUG GAGGA UUUCG UCG CACU U AAGUGAUAACUACCGAAGC A C C UU^ A AUACUUAUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dan-Mir-2-P3a-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCCUUAAAGUGGCGGUGACA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dan-Mir-2-P3a-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCACAGCUUUGCUUUCAGGAGCG -63
Get sequence
|
