| MirGeneDB ID | Cel-Mir-2-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o5 Cel-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrI: 9372783-9372846 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o3) |
Mir-9-P15
chrI: 9332964-9333027 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o3 chrI: 9372783-9372846 [-] UCSC Ensembl Mir-71 chrI: 9379947-9380005 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCGACGAAUCUAAACAGUAUACAGAAAGCCAUCAAAGCGGUGGUUGAUGUGUUGCAAAUUAUGACUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGCUGCCUGUUGCACUGUAAUUUUUUAUAGCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCGACGAAUCUAAACA--- U AA - -| GGU UUGCAAAU GUA ACAG AGC CAUCAAAGC GGU UGAUGUG \ CGU UGUC UCG GUAGUUUCG CCG ACUAUAC U AACGAUAUUUUUUAAUGUCA - CG U A^ AC- UUUCAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cel-Mir-2-o3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCAAAGCGGUGGUUGAUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cel-Mir-2-o3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000004 TargetScanWorm: cel-miR-2 |
