| MirGeneDB ID | Cel-Mir-2-o4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o5 Cel-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrII: 11889930-11889992 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o4) |
Mir-5594
chrII: 11865130-11865187 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-P11 chrII: 11880959-11881025 [-] UCSC Ensembl Mir-36-P8 chrII: 11889823-11889891 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o4 chrII: 11889930-11889992 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P10 chrII: 11890038-11890103 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGGUAACUAUUGGCACUAGUCGCCCGUGACAUCAAGAAACUAGUGAUUAUGCCAAACCACAGGGACAUAUCACAGUUUACUUGCUGUCGCGGGCGGUGCUGAGUUUAAGGCCUCUGAAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGGGUAACUAUUGGCAC -- U -| A U CCAAAC UAGU CGCCCGUGACA CAAG AAACU GUGAU AUG C GUCG GCGGGCGCUGU GUUC UUUGA CACUA UAC A AAAAGUCUCCGGAAUUUGA UG C A^ - - AGGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cel-Mir-2-o4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACAUCAAGAAACUAGUGAUUAUG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cel-Mir-2-o4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGUUUACUUGCUGUCGC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000014 TargetScanWorm: cel-miR-43 |
