| MirGeneDB ID | Isc-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Deer tick (Ixodes scapularis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | isc-mir-2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Isc-Mir-2-P1 Isc-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC) |
NW_024609884.1: 3130738-3130797 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4) |
Mir-71
NW_024609884.1: 3130205-3130267 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 NW_024609884.1: 3130345-3130409 [+] Ensembl Mir-2-P3 NW_024609884.1: 3130575-3130635 [+] Ensembl Mir-2-P4 NW_024609884.1: 3130738-3130797 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCUGCAUUUCGUAGACGUCCCACCUCUGUUCGUCAAAGUGGCUCUGAUGUGUGUCUCUUUUUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGGUGGUGAGUCUCCUACUUCGGAAUGAGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCCUGCAUUUCGUAGACGUCC-- U -| C UGUCUC CACC CUGUUCGUCAAAG UGGCU UGAUGUG \ GUGG GGCGAGUAGUUUC ACCGA ACUAUAC U CGGAGUAAGGCUUCAUCCUCUGA U G^ C UUUUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Isc-Mir-2-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUCAAAGUGGCUCUGAUGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Isc-Mir-2-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012696 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -60
Get sequence
|
