| MirGeneDB ID | Cel-Mir-2-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cel-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 4757123-4757186 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o5) |
Mir-279-P13
chrX: 4756991-4757052 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o5 chrX: 4757123-4757186 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUUCAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGAGCACGAUGACCCCGUCCAAUGGACGAUAUCACAGCAAUCACAAUGAGAAGAAUACAUCUAGAUACUCUUUUCAUUGGUUUCUGUGAAAUCGUAUUUGAAUGGAAAGUUUUAUAUUGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGAGCACGAUGACCCCGUC---| UGG A C UCA AUACAU CAA ACGAU UCACAG AA CAAUGAGAAGA C GUU UGCUA AGUGUC UU GUUACUUUUCU U AGAAGUUAUAUUUUGAAAGGUAA^ UA- A - UG- CAUAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-2-o5_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCACAGCAAUCACAAUGAGAAGA -25
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004232 TargetScanWorm: cel-miR-797 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-2-o5_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0015241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UUUUCAUUGGUUUCUGUGAAAUC -64
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015241 |
