| MirGeneDB ID | Dma-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P1 Dma-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-P3 Dma-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046175.1: 6286723-6286816 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-965
NC_046175.1: 6247768-6247831 [-]
Ensembl
Mir-36 NC_046175.1: 6285796-6285856 [-] Ensembl Mir-279-P1d NC_046175.1: 6285937-6286000 [-] Ensembl Mir-12608 NC_046175.1: 6286446-6286507 [-] Ensembl Mir-29-P2 NC_046175.1: 6286592-6286666 [-] Ensembl Mir-2-P5 NC_046175.1: 6286723-6286816 [-] Ensembl Mir-9-P9 NC_046175.1: 6286883-6286941 [-] Ensembl Mir-279-P1c NC_046175.1: 6287015-6287090 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUGUUUUUCAACAUAGAGUAACGGGACCUAGGAACUACCGCUUGUGGUUGAUUGAAUUGUCGAUUUUUUUAAAUUCUAAUCGGUUCAAUUGUCUUAUUUCUAUCACAGUCGUAGUUACUAGAUACCGAAGCUCUUCCGUCUCACUCACACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 AUAUGUUUUUCAACAUA--| AA GAC G C U U UUGAAUUGUCGAUUUUUUUAAAU GAGU CGG CUAG AACUAC GCU GUGGU GA \ CUCG GCC GAUC UUGAUG UGA CACUA CU U GACACACUCACUCUGCCUU^ AA AUA A C - U UUAUUCUGUUAACUUGGCUAAUC 150 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dma-Mir-2-P5_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGAACUACCGCUUGUGGUUGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dma-Mir-2-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
72- UAUCACAGUCGUAGUUACUAGA -94
Get sequence
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