| MirGeneDB ID | Dma-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-P3 Dma-Mir-2-P4 Dma-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dan-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P1-v1 Isc-Mir-2-P1 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046175.1: 11973585-11973670 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1) |
Mir-71
NC_046175.1: 11973451-11973516 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 NC_046175.1: 11973585-11973670 [+] Ensembl Mir-2-P2 NC_046175.1: 11973770-11973832 [+] Ensembl Mir-2-P3 NC_046175.1: 11973888-11973956 [+] Ensembl Mir-2-P4 NC_046175.1: 11974083-11974146 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGUUACGCGUAGAAAAACUUAUUUCGGGCCGUCAAAGUCGACUGGGAAAUGCUGUAGAAAGAAUUCUCGCUAAUCCCGGAAUUUCAAAGACAUAUCACAGCCAGCUUUGACGAGCCGGAAAUCGAGUCUUAUUCACCCAUUCUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 UCGUUACGCGUAGAAAA- - G -| CGA G A CUGUAGAAAGAAUUCUCGC ACUU AUUUC GGC CGUCAAAGU CUG GA AUG \ UGAG UAAAG CCG GCAGUUUCG GAC CU UAC U ACUCUUACCCACUUAUUC C G A^ ACC A A AGAAACUUUAAGGCCCUAA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dma-Mir-2-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCAAAGUCGACUGGGAAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dma-Mir-2-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
63- UAUCACAGCCAGCUUUGACGAGC -86
Get sequence
|
