| MirGeneDB ID | Dme-Mir-2-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-2b-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-2-P1-v1 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dme-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P6a Dme-Mir-2-P6b Dme-Mir-2-P6c Dme-Mir-2-P7 Dme-Mir-2-P8-v1 Dme-Mir-2-P9-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Dan-Mir-2-P3b Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2L: 19570188-19570256 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3b) |
Mir-2-P4b-v1
2L: 19569495-19569554 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P4b-v2 2L: 19569495-19569554 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v1 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P4a-v2 2L: 19569901-19569966 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P3b 2L: 19570188-19570256 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUCGAAUCGAAACAGGAGAAUUGUGUCAUUCUUCAAAGUGGUUGUGAAAUGUUUGCCUUUUUAUGCCUAUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAGGAGCGACGCGAUGCUCAAGGCAAAAAAAAAAUCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUCGAAUCGAAACAG-- A A -| A UUUGCCUUU GAG AUUGUGUC UUCUUCAAAG UGGUUGUGA AUG U CUC UAGCGCAG GAGGAGUUUC ACCGACACU UAC U AACUAAAAAAAAAACGGAA G C G^ A UUAUCCGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-2-P3b_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020783 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-2-P3b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- UAUCACAGCCAGCUUUGAGGAGCG -69
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000107 TargetScanFly: dme-miR-2b |
