| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-144 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-144-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-144 Cmi-Mir-144 Cpi-Mir-144 Dno-Mir-144 Ete-Mir-144 Gga-Mir-144 Laf-Mir-144 Lch-Mir-144 Mdo-Mir-144 Mml-Mir-144 Mmr-Mir-144 Oan-Mir-144 Pbv-Mir-144 Pma-Mir-144 Sha-Mir-144 Spt-Mir-144 Sto-Mir-144 Tni-Mir-144 Xtr-Mir-144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009908.1: 8547203-8547259 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-144-v2) |
Mir-451
FYBX02009908.1: 8547072-8547114 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-144-v1 FYBX02009908.1: 8547203-8547259 [-] UCSC Ensembl Mir-144-v2 FYBX02009908.1: 8547203-8547259 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-144-v2 |
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| Seed | UACAGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACCACCUCCGAGUGGCACACCAGUGGAGGAUAUCAUAAUGUACUGUAACUUGAUUGGAGCCGUUACAGUAUAUAUGAUGUGCUGCAUUGGCCUGUGUAUGGGCAACGGGGAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGACCACCUCCGAGUGG --| G G A UUGAU CACA CCAGUG AG AUAUCAUA UGUACUGUAAC U GUGU GGUUAC UC UGUAGUAU AUAUGACAUUG G GGUAGGGGCAACGGGUAU CC^ G G - CCGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-144-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUAAUGUACUGUAACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-144-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UUACAGUAUAUAUGAUGUGCUG -57
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-144-v1 |
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| Seed | ACAGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGACCACCUCCGAGUGGCACACCAGUGGAGGAUAUCAUAAUGUACUGUAACUUGAUUGGAGCCGUUACAGUAUAUAUGAUGUGCUGCAUUGGCCUGUGUAUGGGCAACGGGGAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAGACCACCUCCGAGUGG --| G G A UUGAU CACA CCAGUG AG AUAUCAUA UGUACUGUAAC U GUGU GGUUAC UC UGUAGUAU AUAUGACAUUG G GGUAGGGGCAACGGGUAU CC^ G G - CCGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-144-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGAUAUCAUAAUGUACUGUAAC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-144-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UACAGUAUAUAUGAUGUGCUG -57
Get sequence
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