| MirGeneDB ID | Ete-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-15 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ete-Mir-15-P1a Ete-Mir-15-P1b Ete-Mir-15-P1c Ete-Mir-15-P1d Ete-Mir-15-P2b Ete-Mir-15-P2c Ete-Mir-15-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-15-P2a Bta-Mir-15-P2a Cfa-Mir-15-P2a Cin-Mir-15-P2 Cja-Mir-15-P2a Cli-Mir-15-P2a Cmi-Mir-15-P2a Cpi-Mir-15-P2a Cpo-Mir-15-P2a Dno-Mir-15-P2a Dre-Mir-15-P2a1 Dre-Mir-15-P2a2 Eca-Mir-15-P2a Gga-Mir-15-P2a Gja-Mir-15-P2a Gmo-Mir-15-P2a2 Hsa-Mir-15-P2a Laf-Mir-15-P2a Lch-Mir-15-P2a Loc-Mir-15-P2a Mal-Mir-15-P2a2 Mdo-Mir-15-P2a Mml-Mir-15-P2a Mmr-Mir-15-P2a Mmu-Mir-15-P2a Mun-Mir-15-P2a Neu-Mir-15-P2a Oan-Mir-15-P2a Ocu-Mir-15-P2a Pab-Mir-15-P2a Pbv-Mir-15-P2a Rno-Mir-15-P2a Sha-Mir-15-P2a Spt-Mir-15-P2a Sto-Mir-15-P2a Tgu-Mir-15-P2a Tni-Mir-15-P2a2 Xla-Mir-15-P2a3 Xla-Mir-15-P2a4 Xtr-Mir-15-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980311: 7343050-7343114 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-15-P2a) |
Mir-15-P1a
JH980311: 7342911-7342969 [+]
UCSC
Mir-15-P2a JH980311: 7343050-7343114 [+] UCSC Mir-3613 JH980311: 7380992-7381049 [+] UCSC |
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| Seed | AGCAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGUUGUGAUAUCAAAGUCAGCAGUGCCUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGUGUUAAGAUUGUAAAAUUAUCUCCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAAGUAAGGUUGACCACACUCUACAUUGUAUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGUUGUGAUAUCAAA-- AG C -| A UGUUAAGAUU GUCAGC UGC UUAGCAGCAC GU AAUAUUGG G CAGUUG AUG AGUCGUCGUG CA UUAUGACC U UUUAUGUUACAUCUCACAC GA A U^ A UCUAUUAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-15-P2a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGCAGCACGUAAAUAUUGGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ete-Mir-15-P2a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAA -65
Get sequence
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