| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-142-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-142-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v1 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v1 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_4424: 122653-122717 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P2-v4) |
Mir-142-P2-v4
GeneScaffold_4424: 122653-122717 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P2-v1 GeneScaffold_4424: 122655-122715 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v2 GeneScaffold_4424: 122655-122715 [-] UCSC Ensembl Mir-142-P2-v3 GeneScaffold_4424: 122655-122715 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-142-P2-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAAGGACGAUUGGAUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGCCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACGGGAGGCAGAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAAGGACGAUUGGAUGU--| G A UAAACUCCU ACAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ UGUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C AAGAGACGGAGGGCAUCGGU^ G C UGACACCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P2-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Gmo-Mir-142-P2-v4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -65
Get sequence
|
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| Variant | Gmo-Mir-142-P2-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGACGAUUGGAUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGCCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACGGGAGGCAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGACGAUUGGAUGUA--| G A UAAACUCCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C GAGACGGAGGGCAUCGGUU^ G C UGACACCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Gmo-Mir-142-P2-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Gmo-Mir-142-P2-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGACGAUUGGAUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGCCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACGGGAGGCAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGACGAUUGGAUGUA--| G A UAAACUCCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C GAGACGGAGGGCAUCGGUU^ G C UGACACCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Gmo-Mir-142-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
|
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| Variant | Gmo-Mir-142-P2-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGACGAUUGGAUGUACAGUGCAGUCAUCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACUCCUCGCCCACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUUGGCUACGGGAGGCAGAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAGGACGAUUGGAUGUA--| G A UAAACUCCU CAGUGCA UCAUCCAUAAAGUAG AAGCACUAC \ GUCAUGU AGUAGGUAUUUCAUC UUUGUGAUG C GAGACGGAGGGCAUCGGUU^ G C UGACACCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-142-P2-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-142-P2-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -61
Get sequence
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