| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-27d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-27-P2b Gmo-Mir-27-P3 Gmo-Mir-27-P4a Gmo-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-27-P1 Lch-Mir-27-P1 Loc-Mir-27-P1 Mal-Mir-27-P1 Pma-Mir-27-o1 Tni-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig135158: 456-519 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P1) |
Mir-27-P1
contig135158: 456-519 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-23-P1 contig135158: 805-865 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCGUCCAGUAGAGGUUUGCCUGAGGUGUAGGACUUAGCUCGCUUUGUGAACAGUUGAGUAGAAAGAUAAUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCACUUCACAAGCUUAUUCAACCCACAUUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGCGUCCAGUAGAGGUUU C--| UA U UU GUUGAGUA GC UGAGGUG GGACUUAGC CGCU GUGAACA \ CG ACUUCAC CUUGAAUCG GUGA CACUUGU G UAGUUACACCCAACUUAUU AAC^ GC - -- AAUAGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-27-P1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUUAGCUCGCUUUGUGAACA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-27-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0046044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -64
Get sequence
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