| MirGeneDB ID | Tni-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-27-P2b Tni-Mir-27-P3 Tni-Mir-27-P4a Tni-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-27-P1 Gmo-Mir-27-P1 Lch-Mir-27-P1 Loc-Mir-27-P1 Mal-Mir-27-P1 Pma-Mir-27-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
15_random: 3094204-3094266 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P1) |
Mir-24-P1
15_random: 3093022-3093080 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 15_random: 3094204-3094266 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P1 15_random: 3094562-3094622 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGUGUGUCCUGAGUUUGAGAGAGGGGCAGGACUUGGCUCGCUCCGUGAACAGUUCGGUCAGUGUGAGUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCUCCUCACAAGCUUUACCAGCGUCCCACCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGUGUGUGUCCUGAGUUUGAGA--| A U CC GUUCGGU GAGGGGC GGACUUGGC CGCU GUGAACA C CUCCUCG CUUGAAUCG GUGA CACUUGU A CUCCACCCUGCGACCAUUUCGAACA^ C - -- GAGUGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-27-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUUGGCUCGCUCCGUGAACA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-27-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -63
Get sequence
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