| MirGeneDB ID | Mal-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-27 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-27-P2a Mal-Mir-27-P2b Mal-Mir-27-P3 Mal-Mir-27-P4a Mal-Mir-27-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-27-P1 Gmo-Mir-27-P1 Lch-Mir-27-P1 Loc-Mir-27-P1 Pma-Mir-27-o1 Tni-Mir-27-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884702.1: 3701989-3702051 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-27-P1) |
Mir-23-P1
KV884702.1: 3700621-3700681 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P1 KV884702.1: 3701989-3702051 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGUGUUUGUCCAGAGUUUGGUUGAAGUGCAGGACUUAGCUUGCUCCGUGAACAGUUCAGUGAAAACCUGUGUUCACAGUGGCUAAGUUCCGCUCCUCACAAGCCUCUCCAGCGUUUAACUCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGUGUUUGUCCAGAGUUU ---| AGU A U CC GUUCAGU GGU UGA GC GGACUUAGCU GCU GUGAACA G CCG ACU CG CUUGAAUCGG UGA CACUUGU A CCUCAAUUUGCGACCUCU- AAC^ CCU C - -- GUCCAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mal-Mir-27-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGACUUAGCUUGCUCCGUGAACA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Mal-Mir-27-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC -63
Get sequence
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