| MirGeneDB ID | Laf-Mir-192-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-192-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ebu-Mir-192-o1 Pma-Mir-192-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010101.1: 8120404-8120463 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-P1) |
Mir-192-P1
GL010101.1: 8120404-8120463 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-P1 GL010101.1: 8120703-8120760 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCCAUCACUCAGAAACGGUGUACAGGAAAAUGACCUAUGAACUGACAGACAAUAUGGCUAAGUUUGUCUGUCAUUUCUGUAGGCCAACAUUCUGUAUGUCUGCUACUUCAAAGUCAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCCAUCACUCAGAAAC-- GU AAA A -| C AUAUGG G GUACAGGA UG CCUAU GAA UGACAGACA \ C UAUGUCUU AC GGAUG CUU ACUGUCUGU C AAGACUGAAACUUCAUCGU UG ACA C U^ U UUGAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-192-P1_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAACUGACAGACA -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-192-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCUGUCAUUUCUGUAGGCCAACA -60
Get sequence
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