| MirGeneDB ID | Laf-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3613 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-3613 Cfa-Mir-3613 Cja-Mir-3613 Cpo-Mir-3613 Dno-Mir-3613 Eca-Mir-3613 Ete-Mir-3613 Hsa-Mir-3613 Mdo-Mir-3613 Mml-Mir-3613 Mmr-Mir-3613 Neu-Mir-3613 Ocu-Mir-3613 Pab-Mir-3613 Sha-Mir-3613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010050.1: 31596801-31596859 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3613) |
Mir-3613
GL010050.1: 31596801-31596859 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-15-P2a GL010050.1: 31640465-31640529 [-] UCSC Ensembl Mir-15-P1a GL010050.1: 31640611-31640670 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | CAAAAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGACGCGCAAUGAGAUAGUUGGGUUUGGAUUGUUGUACUUUUUUUUUUGUUCGUUUAAUUUUUAGGAACAAAAAAAAAAGCCCAACCCUUCACACCACUUCAUCUGCAUCUCUCAGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGACGCGCAAUGAGAUAGUUG--| U UU UA GUUUAA GGU UGGA GUUG CUUUUUUUUUUGUUC \ CCA ACUU CAAC GAAAAAAAAAACAAG U CAGGACUCUCUACGUCUACUUCA^ C CC CC GAUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-3613_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUGUACUUUUUUUUUUGUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-3613_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACAAAAAAAAAAGCCCAACCCU -59
Get sequence
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