| MirGeneDB ID | Loc-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-147-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG3: 39226443-39226503 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-v2) |
Mir-147-v2
LG3: 39226443-39226503 [-]
Ensembl
Mir-147-v1 LG3: 39226444-39226502 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-147-v2 |
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| Seed | ACGGAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCACCAGCCUGCCUGCACCCUAUCAAUCUAACGGAAUCAUUUCUGCACAGACUAGACUCUGAGAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUGGUAGGGUCUGACCACCAACAGGUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCACCAGCCUGCCUGC-| C A U GACUAGACU ACCCUAUCAAU UA CGGAA CAUUUCUGCACA C UGGGAUGGUUA AU GUCUU GUAAAGGCGUGU U UCUGGACAACCACCAGUC^ C C C GACCAAGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-147-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACGGAAUCAUUUCUGCACAGACU -24
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-147-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -61
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-147-v1 |
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| Seed | CGGAAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCACCAGCCUGCCUGCACCCUAUCAAUCUAACGGAAUCAUUUCUGCACAGACUAGACUCUGAGAACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUGGUAGGGUCUGACCACCAACAGGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCACCAGCCUGCCUGCA-| C A U GACUAGACU CCCUAUCAAU UA CGGAA CAUUUCUGCACA C GGGAUGGUUA AU GUCUU GUAAAGGCGUGU U CUGGACAACCACCAGUCU^ C C C GACCAAGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-147-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGAAUCAUUUCUGCACAGACU -23
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-147-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCU -59
Get sequence
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