| MirGeneDB ID | Loc-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P3 Loc-Mir-24-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-24-P1 Gmo-Mir-24-P1 Lch-Mir-24-P1 Pma-Mir-24-o1 Sto-Mir-24-P1 Tni-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG10: 2473205-2473264 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P1) |
Novel-2
LG10: 2472995-2473051 [-]
Ensembl
Mir-24-P1 LG10: 2473205-2473264 [-] Ensembl Mir-27-P1 LG10: 2475632-2475694 [-] Ensembl Mir-23-P1 LG10: 2478694-2478751 [-] Ensembl |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGAAGCAAGCAAAUGGGCUCCAUCUCCAGUGCCUACUGAGCUGAUUACAGUUGAUUUAUUGAGCACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACCGGAGUUCUGCCUCUUAAUACACGGAUCCCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGAAGCAAGCAAAUG---| UCCAU A G A UUA UGAUUU GGC CUCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU \ CCG GAGG CA GGA GACUUGACU GUCA A AACCCUAGGCACAUAAUUCU^ UCUU- C A C CG- CGAGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-24-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUUACAGU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-24-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACCG -60
Get sequence
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