| MirGeneDB ID | Sto-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P3 Sto-Mir-24-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-24-P1 Gmo-Mir-24-P1 Lch-Mir-24-P1 Loc-Mir-24-P1 Pma-Mir-24-o1 Tni-Mir-24-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01002570.1: 216501-216561 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P1) |
Mir-24-P1
BFAA01002570.1: 216501-216561 [-]
Mir-23-P1 BFAA01002570.1: 222579-222638 [-] |
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| Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUCAAGACAAGUUGGACUCUAUCUCCCGUGCCUACUGAGCUGAUUAGCAGUUGAUACCAGAAACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGCUCAGUACCAUUUUCCACAGGGAACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUCUCAAGACAAGUUGG---| CUAU C G A UUAG UGAUAC ACU CUCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU \ UGA GAGG CA GGA GACUUGACU GUCA C ACCAAGGGACACCUUUUACCA^ CUC- A A C CG-- CAAAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sto-Mir-24-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUUAGCAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Sto-Mir-24-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -61
Get sequence
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