| MirGeneDB ID | Mgi-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-252 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pacific oyster (Magallana gigas) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mgi-Mir-252-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-252-P2 Aga-Mir-252-P2 Agr-Mir-252-P2 Bfl-Mir-252-P2 Bge-Mir-252-P2-v1 Bla-Mir-252-P2 Cbr-Mir-252-P2 Cel-Mir-252-P2 Csc-Mir-252-P2k Csc-Mir-252-P2l-v1 Cte-Mir-252-P2 Dan-Mir-252-P2-v1 Dlo-Mir-252-P2 Dma-Mir-252-P2-v1 Dme-Mir-252-P2-v1 Dmo-Mir-252-P2-v1 Dpu-Mir-252-P2-v1 Dsi-Mir-252-P2-v1 Dya-Mir-252-P2-v1 Eba-Mir-252-P2 Gpa-Mir-252-P2 Hme-Mir-252-P2 Hru-Mir-252-P2 Isc-Mir-252-P2-v1 Lan-Mir-252-P2 Lgi-Mir-252-P2 Llo-Mir-252-P2 Lpo-Mir-252-P2c Lpo-Mir-252-P2d Mom-Mir-252-P2 Npo-Mir-252-P2 Ofu-Mir-252-P2 Pau-Mir-252-P2 Pcr-Mir-252-P2 Pdu-Mir-252-P2 Pfl-Mir-252-P2 Pmi-Mir-252-P2 Pve-Mir-252-P2 Sko-Mir-252-P2 Snu-Mir-252-P2 Spu-Mir-252-P2 Tca-Mir-252-P2 Tur-Mir-252-P2-v1 War-Mir-252-P2 Xbo-Mir-252-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CGI_GCA_000297895.1) |
scaffold1366: 106402-106459 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-252-P2) |
Mir-2001
scaffold1366: 96730-96789 [+]
Ensembl
Mir-252-P1 scaffold1366: 96960-97021 [+] Ensembl Mir-252-P2 scaffold1366: 106402-106459 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGACAUCAAGACGAGAUUUUAACCCAUUCUUAAGUACUUGUGCCGCGGGAAAGUCUUUGAAUCUUCCCAUGGAUCAAGUAUUUAAUAUCGGGAUUAUUCGAUCUUCAGACAAAUGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUGACAUCAAGACGAGAUUUUAA--| AUUC UG C AGUCU CCC UUAAGUACUUG CCG GGGAA U GGG AAUUUAUGAAC GGU CCCUU U CGGUAAACAGACUUCUAGCUUAUUA^ CUAU UA A CUAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mgi-Mir-252-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAGUACUUGUGCCGCGGGAA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mgi-Mir-252-P2_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCCAUGGAUCAAGUAUUUAAUA -58
Get sequence
|
