| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-18b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1c Mmu-Mir-17-P1d Mmu-Mir-17-P2a Mmu-Mir-17-P4a Mmu-Mir-17-P4c Mmu-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P2c Ami-Mir-17-P2c Bta-Mir-17-P2c Cfa-Mir-17-P2c Cja-Mir-17-P2c Cli-Mir-17-P2c Cmi-Mir-17-P2c Cpi-Mir-17-P2c Cpo-Mir-17-P2c Dno-Mir-17-P2c Dre-Mir-17-P2c Eca-Mir-17-P2c Ete-Mir-17-P2c Gga-Mir-17-P2c Gja-Mir-17-P2c Gmo-Mir-17-P2c Hsa-Mir-17-P2c Laf-Mir-17-P2c Lch-Mir-17-P2c Loc-Mir-17-P2c Mdo-Mir-17-P2c Mml-Mir-17-P2c Mmr-Mir-17-P2c Mun-Mir-17-P2c Neu-Mir-17-P2c Oan-Mir-17-P2c Ocu-Mir-17-P2c Pab-Mir-17-P2c Pbv-Mir-17-P2c Rno-Mir-17-P2c Sha-Mir-17-P2c Spt-Mir-17-P2c Sto-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P2c Xla-Mir-17-P2c3 Xla-Mir-17-P2c4 Xtr-Mir-17-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 52742341-52742403 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P2c) |
Mir-92-P2c
chrX: 52741697-52741761 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-92-P1c chrX: 52741853-52741913 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P2c chrX: 52741991-52742056 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4c chrX: 52742121-52742181 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2c chrX: 52742341-52742403 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1c chrX: 52742505-52742563 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGCUGCUCCUUGUAAUGUGUCUCUUGUGUUAAGGUGCAUCUAGUGCUGUUAGUGAAGCAGCUUACAAUCUACUGCCCUAAAUGCCCCUUCUCGCACAGGCUACUUCUUACCUUGCAUUUGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCUGCUCCUUGUAAU-- -| CU UU U C U U U UGAAGCA GU GUCU UGUG AAGG GCAU UAG GC GU AG G CA CGGA ACGC UUCC CGUA AUC CG CA UC C AAGUUUACGUUCCAUUCUU U^ C- UC C A C U - UAACAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-17-P2c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004858 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAGGUGCAUCUAGUGCUGUUAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004858 TargetScanVert: mmu-miR-18b-5p miRDB: MIMAT0004858 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-17-P2c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACUGCCCUAAAUGCCCCUUCUC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-18b-3p miRDB: MIMAT0017270 |
