| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P2a Ami-Mir-221-P2a Bta-Mir-221-P2a Cfa-Mir-221-P2a Cja-Mir-221-P2a Cli-Mir-221-P2a Cmi-Mir-221-P2a Cpi-Mir-221-P2a Cpo-Mir-221-P2a Dno-Mir-221-P2a Dre-Mir-221-P2a1 Dre-Mir-221-P2a2 Eca-Mir-221-P2a Ete-Mir-221-P2a Gga-Mir-221-P2a Gja-Mir-221-P2a Gmo-Mir-221-P2a1 Gmo-Mir-221-P2a2 Hsa-Mir-221-P2a Laf-Mir-221-P2a Lch-Mir-221-P2a Loc-Mir-221-P2a Mal-Mir-221-P2a1 Mal-Mir-221-P2a2 Mdo-Mir-221-P2a Mml-Mir-221-P2a Mmr-Mir-221-P2a Mun-Mir-221-P2a Neu-Mir-221-P2a Oan-Mir-221-P2a Ocu-Mir-221-P2a Pab-Mir-221-P2a Pbv-Mir-221-P2a Rno-Mir-221-P2a Sha-Mir-221-P2a Spt-Mir-221-P2a Sto-Mir-221-P2a Tgu-Mir-221-P2a Tni-Mir-221-P2a1 Xla-Mir-221-P2a3 Xla-Mir-221-P2a4 Xtr-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chrX: 19146307-19146369 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P2a) |
Mir-221-P2a
chrX: 19146307-19146369 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P1a chrX: 19146900-19146963 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGGCUGAACAUCCAGGUCUGGGGCAUGAACCUGGCAUACAAUGUAGAUUUCUGUGUUUGUUAGGCAACAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUCAGGCUACCUGGAAUCAUUUCUUCAUUGGCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGGCUGAACAUCCAGG UG -- A -| UG U AUUU GUUUG UC GG GC UG AACC GCA ACAAUGUAG CUGU U AG CC CG AC UUGG CGU UGUUACAUC GACA U CCGGUUACUUCUUUACUA GU AU G U^ GU C ---- ACGGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmu-Mir-221-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0017060 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCAUACAAUGUAGAUUUCUGU -26
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-221-5p miRDB: MIMAT0017060 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmu-Mir-221-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0000669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC -63
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000669 TargetScanVert: mmu-miR-221-3p miRDB: MIMAT0000669 |
