| MirGeneDB ID | Sha-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-221 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sha-mir-221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-221-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-221-P2a Ami-Mir-221-P2a Bta-Mir-221-P2a Cfa-Mir-221-P2a Cja-Mir-221-P2a Cli-Mir-221-P2a Cmi-Mir-221-P2a Cpi-Mir-221-P2a Cpo-Mir-221-P2a Dno-Mir-221-P2a Dre-Mir-221-P2a1 Dre-Mir-221-P2a2 Eca-Mir-221-P2a Ete-Mir-221-P2a Gga-Mir-221-P2a Gja-Mir-221-P2a Gmo-Mir-221-P2a1 Gmo-Mir-221-P2a2 Hsa-Mir-221-P2a Laf-Mir-221-P2a Lch-Mir-221-P2a Loc-Mir-221-P2a Mal-Mir-221-P2a1 Mal-Mir-221-P2a2 Mdo-Mir-221-P2a Mml-Mir-221-P2a Mmr-Mir-221-P2a Mmu-Mir-221-P2a Mun-Mir-221-P2a Neu-Mir-221-P2a Oan-Mir-221-P2a Ocu-Mir-221-P2a Pab-Mir-221-P2a Pbv-Mir-221-P2a Rno-Mir-221-P2a Spt-Mir-221-P2a Sto-Mir-221-P2a Tgu-Mir-221-P2a Tni-Mir-221-P2a1 Xla-Mir-221-P2a3 Xla-Mir-221-P2a4 Xtr-Mir-221-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL849540.1: 1794451-1794513 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-221-P2a) |
Mir-221-P1a
GL849540.1: 1793860-1793923 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-221-P2a GL849540.1: 1794451-1794513 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAGGAAGAACAUCCAGGUUUGGGGCAUGAACCUGGCAUACAAUGUAGAAUUCUGUGUUUAUUAAGUAACAGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUCAGGCUACCUGGGAAUAUACAUCUAACUACUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAGGAAGAACAUCCAGG UG -- A -| UG U AAUUCUGUGUU UU GG GC UG AACC GCA ACAAUGUAG U GG CC CG AC UUGG CGU UGUUACAUC A UCAUCAAUCUACAUAUAA GU AU G U^ GU C GACAAUGAAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-221-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCUGGCAUACAAUGUAGAAUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-221-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0022797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC -63
Get sequence
|
